La situation, particulièrement menacée de l'Eglise Nestorienne, conduit cette dernière à entamer le processus de rapprochement avec l'Occident par Mar Sabrisho V (1226-1257). Saint Louis avait tenté l'alliance en 1253 en envoyant une ambassade en Orient. La troisième tentative est l'œuvre de Rabban Bar Saouma (délégué du grand Patriarche Chinois Yab-Alaha III). Le saint Siège étant vacant, il vint apporter son message au roi Philippe IV le Bel (roi de France de 1285-1314), qui assista à la première messe selon le rite de l'Eglise d'Orient en l'Eglise Saint-Germain-Des-Prés, célébrée par le messager.

L'union commença en 1445, lorsque Mar Thimothée (Métropolite de Chypre) déclara son union avec l'Eglise de Rome. Au concile de Florence (1439-1445), le Pape Eugène IV donna aux chrétiens nouvellement réunis à Rome, le nom de Chaldéens.

En 1450, le patriarche Chimoun IV (1457-1477) désigna son neveu Chimoun V comme son successeur. Cela se généralisa pour les Évêques. Lorsque Chimoun VII succéda à son oncle, il fut contesté par les opposants à la succession par hérédité. Alors, Jean Soulaka présenta sa candidature et fut élu. Il se rendit à Rome en 1551 où il fit acte de fidélité. Il fut sacré évêque et proclamé patriarche par le Pape Jules, en 1553. Il fixa sa résidence à Amed (Diyarbekir en Turquie) en sacrant cinq évêques (Amed, Djézira, Mardin, Sirt, Hassan-Kef). Les fidèles de l'Eglise Uniate furent appelés Chaldéens qui sont Chrétiens Catholiques. En 1555, Jean Soulaka fut assassiné par l'émir d'Amadia à la volonté du Patriarche Chimoun VII Bar Marna. L'évêque du Djezira fut élu à la place du martyr sous le nom d'Abdisho IV Maroun. Celui-ci siégea à Sirt pour éviter le même sort.

Un siècle plus tard, Mar Chimoun XIII (1662-1700) revint au "nestorianisme" en 1671 et prit Qotshanès (Sud-est de la Turquie) comme résidence. A la suite de ce revirement, l'Eglise unie à Rome resta sans Patriarche car les démarches étaient nombreuses : accord du synode des Évêques, reconnaissance officielle par le sultan ottoman et enfin la Confirmation de Rome.

Ce n'est qu'en 1681 que l'évêque d'Amed fut élu Patriarche sous Le nom de Joseph 1. A la mort de Joseph V (appelé Augustin Hindi), L’évêque d'Ahmed ne revendiqua pas le titre de Patriarche. Rome supprima le Patriarcat d'Amed et reconnut en 1830, le Métropolite de Mossoul, Jean VllI Hormez (cousin du Patriarche nestorien Elie XIII qui est le dernier Patriarche nestorien d'Alqosh) comme Patriarche de Babylone pour les Chaldéens. Cette union permit à l'Eglise Chaldéenne de grandir.

Entre 1860 et 1878, il y eut un problème particulier au temps de Mar Joseph VI Audo (1848-1878). En effet, le Patriarche "voulait maintenir le droit légitime de choisir ses évêques de façon indépendante et rétablir la juridiction patriarcale sur l'Eglise de l'Inde". Cela fut rejeté par Rome et tout rentra en ordre vers 1889.

Cependant, les massacres furent encore nombreux sur ordre de l’émir Kurde du Bohtan, Béder Khan. De 1843-1847, plus de 10 000 Assyro-Chaldéens furent tués, des milliers de femmes et de jeunes filles furent enlevées et faites musulmanes de force. Beaucoup de familles assyro chaldéennes ont été soumises et réduites en esclavage. Certaines refusant cet état se sont soulevées, c'est alors que la tribu de Tiyari a été entièrement massacrée. Les villages ont été brûlés, les troupeaux enlevés, les maisons et les églises pillées et détruites.

Un massacre analogue a eu lieu en 1895-1896 sous le règne d'Abdul-Hamid II. Des milliers d'Assyro-Chaldéens ont été tués à Mardin..., à Urfa où on comptait cinq mille morts.

Les Jeunes Turcs menèrent une politique nationaliste et répressive à l'encontre des peuples non turcs. L'année 1909 est marquée par de nombreux massacres. A Adana, en avril il y a eu plus de quatre cent cinquante Assyro-Chaldéens massacrés.

Le Génocide de 1915 est connu sous le nom de "Génocide Arménien". Mais ce fut aussi le génocide des Assyro-Chaldéens qui a été commandité par les Turcs et exécuté par les soldats turcs et kurdes. Au total cent mille Assyro-Chaldéens ont été massacrés. Trois évêques (ceux de Djézira, Sirt et d'Ourmia) et une vingtaine de prêtres ont été également tués. Les pires atrocités ont été commises sur les Assyro-Chaldéens qui étaient groupés dans leurs églises et brûlés vifs, d'autres étaient attachés et égorgés comme des bêtes dans un abattoir. Leurs villages, maisons et églises ont été pillés et détruits. Suite au génocide, les survivants ont fui leur pays et se sont réfugiés en Irak et en Syrie. Les Assyro-Chaldéens ont pris part à la Première Guerre mondiale aux côtés des alliés sur le front du Caucase. D'abord avec les Russes de mai 1915 à octobre 1917. En effet, après la Révolution bo1cheviste, les troupes russes se sont retirées du front, abandonnant ainsi les soldats Assyro-Chaldéens. Ensuite, ils se sont battus aux côtés des britanniques et des français, de décembre 1917 à juillet 1918.

Après le génocide, beaucoup d'Assyro-Chaldéens ont fui leur pays ancestral et se réfugièrent en Australie, aux Etats-Unis et en Europe. En France, ces derniers se sont installés dans les années 1920, essentiellement à Marseille et à Toulouse (dont Agha Petrus et sa famille). Ceux qui n'ont pas pu partir ont été asservis. Ils devaient obéir aux seigneurs (Agha) Kurdes, qui, en contrepartie, devait assurer la sécurité de ces chrétiens.

Avec la victoire des Alliés, le démantèlement de l'Empire ottoman et les promesses faites par les Anglais et les Français, les Assyro-Chaldéens ont cru que l'heure de l'autonomie était arrivée. Pour appuyer leurs revendications devant la Conférence de la Paix à Paris en 1919, ils se sont appelés pour la première fois Assyro-Chaldéens. Ils revendiquaient un Etat délimité géographiquement de Mossoul à Diyarbékir, d'Urfa au Hakkâri et comprenant les plaines d'Ourmia et de Salamas.

Le Traité de Sèvres du 10 août 1920 (signés par les Alliés et la Turquie) reconnaît les Assyro-Chaldéens comme peuple ayant des droits ethniques, culturels, linguistiques et religieux. Ce Traité comporte également des clauses garantissant la protection de ce peuple, faute de lui avoir reconnu un Etat. Mais ce traité qui prévoyait un Kurdistan autonome ne fut jamais ratifié par la Turquie. Mustafa Kemal Atatürk maudit ce Traité et dit à son propos: "... Nous demandons que son nom même ne sorte pas d'une bouche amie. Dans notre pensée, il n'existe aucun traité de cette sorte..."

Le Traité de Lausanne du 24 juillet 1923 est marqué par la négation de toutes les minorités de la Turquie. Il contient tout de même des clauses relatives à la protection des minorités non musulmanes, clauses qui ne seront jamais appliquées par la Turquie. Ainsi, tout espoir d'autonomie était perdu pour ce peuple oublié par les grandes puissances et la Société des Nations malgré les services rendus.

En août 1933, environ 3000 Assyro-Chaldéens dont douze prêtres ont été tués en Irak (nouvellement République). Ce massacre est connu sous le nom de Summel (village où le massacre a eu lieu, situé à 70 km de Mossoul). Il a été commandité par les autorités et exécuté par le colonel Kurde Bader Sedki. Depuis, la diaspora Assyro-Chaldéenne est continuelle.