La Mésopotamie est peuplée progressivement à l'époque néolithique et protohistorique. À partir de 3000 av. J.-C., les Sumériens s'installent et élaborent la première civilisation historique. L'époque sumérienne est marquée par l'apparition des villes dont la plus importante est Uruk, et surtout par l'invention de l'écriture (système en signes qui est à l'origine de l'écriture cunéiforme). Mais le premier véritable empire mésopotamien est fondé par Sargon d'Akkad, qui a vaincu les Sumériens. Tour à tour, le sumérien et l'akkadien devinrent les langues officielles de l'Empire. Alors que l'Empire sumérien était situé en basse Mésopotamie, l'Empire akkadien engloba toute la Mésopotamie. Il subsistera sous forme de petits États jusqu'à la naissance de l'Assyrie.
Parallèlement, deux civilisations apparaissent. Au nord, apparaît la civilisation assyrienne (peuple
sémitique(2) fixée sur les hauts plateaux de la moyenne vallée du Tigre, dans la région de l'actuelle Mossoul (Irak), fondée autour de la cité Assour vers 2025 av. J.-C. Le terme d'Assyrie est la dénomination grecque du "pays d'Assour".
Au sud, des Amorites (Sémites occidentaux) fondent vers 1830 av. J.-C. la première dynastie babylonienne dont le plus célèbre représentant est le législateur Hammourabi (1792-1750 ou 1723-1680 av. J.-C.). Célèbre par son code, qui est le plus ancien et devint le droit de Babylone, qui connut une renaissance dans l'Empire perse et survécut ensuite dans le droit musulman [et sans doute dans le droit romain]. Hammourabi s'était fixé comme tâche, comme il le dit dans l'introduction de son code : "de discipliner les méchants et les mauvais, d'empêcher que le fort n'opprime le faible," d'où l'existence de clauses économiques et sociales. Il nous révèle l'existence de trois classes sociales : les hommes libres, les esclaves (prisonniers et citoyens réduits à la condition servile pour dettes) et une classe de transition (les esclaves affranchis et les hommes libres provisoirement asservis pour dettes). Celui-ci réalisa l'unité de Sumer et d'Akkad dans un même empire.
Mais très vite, grâce aux conquêtes d'Hammourabi, l'Empire babylonien domina tout le pays. Ainsi, jusqu'au IXe siècle, Babel, appelée Babylone (capitale de la Babylonie), fut la ville la plus importante du monde alors connu, comme Paris au XIXe siècle.
Babel avait surtout une importance commerciale. La ville devint la plaque tournante des caravanes entre l'Inde et les ports de la Méditerranée, qui se trouvaient sur les côtes de l'Asie Mineure. On y échangeait les produits de l'Orient et de l'Occident ; un tel troc rapportait de l'or. Babylone fut détruite par les Hittites(3) en -1595 et gouvernée par des souverains kassites pendant quatre siècles.
La gloire de l'Empire assyrien commence à la soumission de Babylone en -1366 avec Assour-Ouballit Ier. Trois rois(4) feront de l'Assyrie l'État le plus puissant de l'Asie occidentale entre -1307 et -1208. Les invasions araméennes (peuple sémitique d'origine nomade) submergeront la Mésopotamie et réduiront l'Empire assyrien à la moyenne vallée du Tigre. Puis, Assurnazirpal II, grand roi du second Empire assyrien, étend sa domination jusqu'à la Méditerranée. Après une période de crise, les règnes de Sargon II (de -722 à -705) et d'Assurbanipal (de -669 à -626) font de l'Assyrie un empire grandiose unifiant l'Orient civilisé du haut Nil au golfe Persique. Mais cet empire fondé sur la violence et la terreur n'a pas le souci d'intégrer les peuples vaincus. Cyaxare s'empara d'Assour (-614) et de Ninive (-612), qui sont pillées, brûlées et rasées. L'empire s'effondra sous les attaques des Mèdes et des Chaldéens (Néo-Babyloniens) en 612 av. J.-C.
Le soulèvement contre les Assyriens commence à la fondation de la dynastie chaldéenne à Babylone en -626 avec Nabopolassar. Alors la Mésopotamie connut la domination de la Chaldée, d'où est originaire Abraham. Son apogée est marqué par le règne de Nabuchodonosor II, qui rend à Babylone son prestige, prend Jérusalem et réduit les Juifs en esclavage. La puissance chaldéenne disparaîtra avec la conquête de Cyrus en 539 av. J.-C.
Successivement, toutes ces civilisations exercent leur puissance et leur hégémonie. Elles connurent des périodes glorieuses. Leur contribution aux inventions, au progrès de la connaissance et à l'organisation sociale tant dans le domaine scientifique, politique, religieux, qu'administratif, de la mode et de l'art, est plus qu'honorable. "Les jardins suspendus de Babylone" font partie des sept merveilles du monde. Ils sont aussi les inventeurs de l'écriture en cunéiforme. La religion assyro-babylonienne joua un rôle déterminant dans la proclamation du Dieu unique.
Depuis la chute de l'Empire assyrien et l'invasion de Babylone par les Perses, les Assyro-Chaldéens ont été victimes de persécutions. Alors, plus de la majorité de ce peuple se réfugia dans le nord de la Mésopotamie, qui deviendra leur foyer national. Ils constituèrent de petits États qui ont duré du IIIe siècle av. J.-C. au IIIe siècle ap. J.-C. à Edesse (l'actuelle Urfa en Turquie), Erbil, Sinjar, Tedmur (Palmyre) et ailleurs. Ils disparurent à leur tour.