Joseph ne cessa d'écrire, notamment lors de ses ermitages. Son activité littéraire fut considérable. Il est l'auteur d'importants ouvrages spirituels. Joseph avait un frère, Ebedjésus. Ce dernier se convertit également au christianisme et se fit moine. À partir de ce moment-là, Joseph écrivit sous le nom de son frère tous les ouvrages qu'il composa. Au total, il aurait écrit mille neuf cents traités, mais ils ne nous sont pas tous parvenus, car ils sont non identifiés (écrits sous d'autres noms) ou non publiés. On peut citer notamment :

- Un ouvrage sur la contemplation et ses différentes espèces.
- Le livre du trésorier, dans lequel se trouve la solution des questions mystérieuses (et qui traite aussi des événements et des châtiments).
- Un livre historique intitulé "Le paradis des Orientaux", divisé en deux parties, dans lequel est incluse l'histoire de l'Église.
- Une réflexion sur les causes des fêtes religieuses.
- Un ouvrage sur l'opération des mouvements qui apparaissent dans l'esprit au moment de la prière.
- Un ouvrage sur la prière spirituelle.
- Un autre ouvrage sur la merveilleuse contemplation des sept yeux du Seigneur qui contemplent la Terre entière.
- Les livres des Centuries (chapitres des connaissances).
- La lettre sur les trois degrés de la vie monastique.