L'Apôtre Saint Thomas termina sa mission martyre à Mylapore (Inde) en 72. Il est désigné comme le fondateur de l'Église dans le sud de l'Inde, où son tombeau existe toujours, bien qu'une partie de ses reliques ait été transportée à Édesse en 393 lors d'une persécution. Cette Église a toujours été liée à celle de Mésopotamie. Ses fidèles sont d'origine juive, perse et indienne. Sa langue liturgique est l'araméen et sa liturgie est semblable à celle de l'Église de Mésopotamie : la Messe des Apôtres.
À l'arrivée des Portugais, ces chrétiens furent considérés comme hérétiques. Alors, au lieu d'évangéliser les Indiens non chrétiens, les Portugais se concentrèrent sur le fait de ramener ces chrétiens à la Foi romaine. Ils s'imposèrent politiquement et religieusement. Certains d'entre eux se rattachèrent alors aux Syriaques Jacobites. La latinisation culmina en 1599 au synode de Diamper, où Meuzès (évêque portugais) chercha à modifier ce qui, dans la Messe des Apôtres, n'était pas conforme à la tradition romaine.
Malgré les efforts des Patriarches unis à Rome, de Jean Soulaka à Mar Yosep VI Audo, la liturgie chaldéenne ne fut rétablie qu'au concile Vatican II (1962-1965) et en langue malayalam. La latinisation forcée par les Occidentaux en Inde et en Chine a été néfaste à ces communautés. En Inde, on dénombre plus de deux millions d'Assyro-chaldéens.
