L'Apôtre Saint Thomas finit sa mission martyre à Mylapore (Inde) En 72. Il a été désigné comme le fondateur de l'Eglise dans le sud de l'Inde où son tombeau existe toujours, mais une partie de ses reliques a dû être transportée à Edesse en 393 lors d'une persécution. Cette Eglise a toujours été liée à celle de Mésopotamie. Ses fidèles sont d'origine juive, perse et indienne. Sa langue liturgique est araméenne et sa liturgie est comme celle de l'Eglise de Mésopotamie : la messe des Apôtres.

A l'arrivée des Portugais, ces chrétiens furent considérés comme hérétiques. Alors, au lieu d'évangéliser les indiens non chrétiens, les portugais se concentrèrent pour ramener les chrétiens à la Foi Romaine. Ils s'imposèrent politiquement et religieusement. Alors, certains d'entre eux se rattachèrent aux Syriaques Jacobites. La latinisation culmina en 1599 au synode de Diamper où Meuzès (évêque Portugais) voulait modifier ce qui dans la messe des apôtres n'était pas conforme à la tradition romaine.

Malgré les efforts des Patriarches unis à Rome, de Jean Soulaka à Mar Yosep VI Audo, la liturgie chaldéenne ne sera rétablie qu'au Vatican II (1962-1965) et en langue Malayalam. La latinisation forcée par les occidentaux en Inde et en Chine a été néfaste à ces communautés. En Inde, on dénombre plus de deux millions d'Assyro-chaldéens.