Joseph est le théoricien par excellence de la mystique nestorienne. Le synode de 786-787 condamne Saint Joseph Hazzaya en lui reprochant quatre griefs principaux :

- "Il fut d'abord accusé d'avoir prétendu qu'il faut rejeter la prière et l'office pour recevoir les dons de l'esprit. En fait, Joseph ne le dit qu'à propos d'états contemplatifs passifs, qui ne sont pas définitifs, et il recommande, dès qu'ils cessent, le retour à la prière active et à l'office canonique". Il enseignait que "le parfait n'a plus besoin de prière (active), d'office, de lecture et de travaux manuels".

- Le synode lui reproche également d'avoir "affirmé la préexistence des âmes auprès de Dieu avant la création des corps".

- Il soutenait "la possibilité de la vision de la Divinité". Cette conception étant refusée par la théologie nestorienne, même à l'humanité du Christ.

- Il affirmait que les âmes gardent une vie consciente entre leur séparation d'avec le corps et la résurrection. Et que les âmes des justes "se réjouissent de la lumière du lieu où elles se trouvent, mais sans recevoir les révélations des choses à venir".