L'Église assyrienne non unie à Rome, également appelée "Nestorienne" actuelle, remonte à la lignée des Patriarches de Qotshanès, fondée par Chimoun XIII Denkha, le huitième patriarche chaldéen, qui en 1674 retourna au nestorianisme. La résidence patriarcale fut Qotshanès jusqu'à la Première Guerre mondiale. Cette guerre fut terrible pour cette Église, non seulement à cause du génocide, mais aussi car elle provoqua la diaspora. À la suite de cette persécution, Mar Chimoun XIX Benyamin se réfugia à Salamas, au nord de l'Iran, où il fut assassiné par traîtrise par le chef kurde Simko en 1918. Son frère, Mar Chimoun XX Paulos, prit la charge de l'Église, mais mourut en 1920 à Baqouba (Irak), où il s'était installé après la mort de son frère.
De retour d'Angleterre, son neveu, Mar Chimoun XXI Ishaï, s'installa à Mossoul de 1927 à 1933. Par décret gouvernemental, le Patriarche fut exilé à Chypre, qu'il quitta pour rejoindre l'Angleterre, s'installant définitivement en 1940 à San Francisco (U.S.A.). Leur nombre est difficile à évaluer en raison de leur dispersion. Ils seraient environ quatre cent mille fidèles dispersés en Russie, Turquie, Iran, Irak, Syrie, Europe, États-Unis et Australie.
Cette Église se divisa en 1964 à la suite du schisme du Métropolite de l'Inde.
Thomas Darmo, qui souhaitait respecter la tradition patristique, rejeta la réforme visant à un rapprochement avec l'Église chaldéenne, décidée par Mar Chimoun XXI. Il a alors ordonné des prêtres et sacré des évêques. En 1969, ces derniers l'ont élu Patriarche de "l'Ancienne Église Catholique et Apostolique." Actuellement, cette Église est dirigée par le Patriarche Mar Addaï II (successeur de Mar Thomas Danno, décédé en 1972), assisté par quatre évêques. Son siège est à Bagdad et ses fidèles représentent environ 10 % de l'ensemble des Nestoriens.
L'autre Église est appelée : "l'Église d'Orient Assyrienne." Elle est dirigée par le Patriarche Mar Denkha IV, élu en 1976. Celui-ci ne fait pas partie de la lignée héréditaire de Mar Chimoun XXI, qui fut assassiné par un jeune assyrien le 6 novembre 1975 à San Francisco.
